干扰素是一种广谱抗病毒药，并不直接杀死或抑制病毒复制，而是通过细胞表面受体作用使细胞产生抗病毒蛋白，从而达到抑制乙肝病毒的复制。同时还可增强自然杀伤细胞、巨噬细胞和T淋巴细胞的活力，从而起到免疫调节作用。少数患者有望实现表面抗原转阴。
干扰素治疗乙肝规定的疗程是12个月，在患者使用干扰素应答条件好，但并未达到停药条件下，可以适当延长治疗六个月。但不管如何，干扰素的治疗总体疗程都比口服核苷类药物要短，因此也是许多乙肝患者选择干扰素治疗的主要原因。
那么，干扰素对治疗乙肝小三阳的效果如何呢?大多数乙肝小三阳的病毒复制水平比较低，转氨酶升高的幅度也比较小，所以干扰素治疗小三阳是有一定效果的，并且干扰素治疗小三阳的近期效果，比乙肝大三阳的还要好得多。但是乙肝小三阳患者打干扰素应满足三个条件，一是符合乙肝抗病毒治疗的适应症，第二个是机体具有一定的免疫力，第三个是肝功能具有一定的代偿能力。只有符合这三个基本条件才可以使用干扰素治疗小三阳。
然而有一点是需要说明提醒的，那就是干扰素治疗小三阳虽然有一定的效果，但是干扰素治疗小三阳的时候也会有许多的副作用，会产生不良反应。80%以上的患者在使用干扰素治疗小三阳的三个月以后会出现明显的副作用。副作用一般有发热和头痛、寒战、恶心以及肌肉酸痛、外周血白细胞血小板减少等，其他可能会遇到的副反应包括甲状腺功能异常、皮疹、轻度脱发，体重减轻等。长期使用干扰素少数可能会出现情绪抑郁的现象。
而且干扰素抗病毒还有一定的适应症，不是每个患者都适合干扰素治疗的。例如有妊娠或短期内有妊娠计划、精神病史 (具有精神分裂症或严重抑郁症等病史)、未能控制的癫痫、失代偿期肝硬化、未控制的自身免疫性疾病、伴有严重感染，视网膜疾病，心衰，慢性阻塞性肺部等基础疾病是不能使用干扰素治疗的。
而有甲状腺疾病，既往抑郁症史，未控制的糖尿病、高血压，治疗前中性粒细胞计数<1.0×109/L和(或)血小板计数<50×109/L也是慎用干扰素的。
所以乙肝小三阳患者不宜盲目使用干扰素治疗，在使用干扰素治疗小三阳用药的时候必须在专家指导下进行，并定期进行复查，及时了解自身病情发展情况。乙肝小三阳患者除了要正确用药，坚持科学治疗外，还应注意生活保养，合理的调节饮食，注意休息，严禁酗酒，增强免疫力，这样才能使病情快速恢复。
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